Πολλά λάθη, ελλείψεις και... εξαφάνιση των στοιχείων ακινήτων που έχουν δηλώσει στο παρελθόν εντοπίζουν φορολογούμενοι που εισέρχονται στην ηλεκτρονική εφαρμογή της Γενικής Γραμματείας Πληροφοριακών Συστημάτων για την υποβολή των δηλώσεων Ε9. Πρόκειται για προβλήματα που στοιχίζουν σημαντικά σε χρόνο στους φορολογούμενους καθώς καλούνται να τα διορθώσουν μέσω του ίντερνετ ενώ κινδυνεύουν να τους στοιχίσουν και σε χρήμα. Ειδικότερα, σημαντικός αριθμός φορολογούμενων διαπιστώνει ότι τα στοιχεία των ακινήτων που έχουν δηλώσει είτε χειρόγραφα είτε ηλεκτρονικά στο παρελθόν στο δεύτερο πίνακα του Ε9 παρουσιάζουν λάθη και ελλείψεις. Στο δεύτερο πίνακα οι φορολογούμενοι είναι υποχρεωμένοι να δηλώσουν τα αγροτεμάχια και τα οικόπεδα εκτός σχεδίου και οικισμού. Υπάρχουν περιπτώσεις φορολογούμενων οι οποίοι διαπιστώνουν ότι ενώ έχουν δηλώσει κανονικά στο παρελθόν τα χωράφια και τα εκτός σχεδίου οικόπεδα που διαθέτουν, στην εφαρμογή του Ε9 δεν εμφανίζεται τίποτα, αναγκάζοντάς τους να τα δηλώσουν εκ νέου.
Παράλληλα, σε πολλές περιπτώσεις οι εγγραφές που εμφανίζονται στην ηλεκτρονική εφαρμογή του Ε9 παρουσιάζουν ελλείψεις, δηλαδή δεν εμφανίζεται η θέση που έχει δηλωθεί ή ακόμη και η επιφάνεια του αγροτεμαχίου. Να σημειωθεί ότι, προς το παρόν, τα λάθη αυτά δεν στοιχίζουν στους φορολογούμενους σε φόρο καθώς ο Φόρος Ακίνητης Περιουσίας και το Ενιαίο Τέλος Ακινήτων που έχει καταργηθεί από το 2010 αλλά ακόμη δεν έχει εισπραχθεί για το 2009 από πολλούς ιδιοκτήτες υπολογίζεται με βάση όσα έχουν δηλωθεί στον πρώτο πίνακα του Ε9, δηλαδή τα εντός και εκτός σχεδίου κτίσματα και τα οικόπεδα.
Ωστόσο, στο υπουργείο Οικονομικών γίνονται σχέδια για τη φορολόγηση και των αγροτεμαχίων. Ο υπολογισμός, εφόσον τελικά επεκταθεί ο φόρος, θα γίνει με βάση τα αγροτεμάχια που έχουν δηλώσει οι φορολογούμενοι στο δεύτερο πίνακα του Ε9. Για το λόγο αυτό είναι πολύ σημαντικό οι φορολογούμενοι να ελέγξουν και να διορθώσουν τα στοιχεία των αγροτεμαχίων που εμφανίζονται να τους ανήκουν στην ηλεκτρονική εφαρμογή υποβολής και διόρθωσης των δηλώσεων Ε9.