Προχειρότητες με το τρόπο εφαρμογής του ενεργειακού επιθεωρητή απιελούν να προκαλέσουν νέα προβλήμτα στην ήδη τραυματισμένη αγορά ακινήτων. Σύμφωνα με τις απόψεις ειδικών τα προβλήματα αφορούν :
1.Δεδομένου ότι για κάθε μεταβίβαση κτιρίου θα απαιτείται επισύναψη αντιγράφου ΠΕΑ στο συμβόλαιο, πως θα μεταβιβάζονται τα ημιτελή κτίρια αφού το πιστοποιητικό θα εκδίδεται μετά την αποπεράτωσή τους
2.Στα κτίρια κατοικίας δεν υπάρχουν διαθέσιμα ηλεκτρομηχανολογικά σχέδια, στα παλαιά δε κτίρια, ούτε αρχιτεκτονικά σχέδια ή κατόψεις.
3.Στην πράξη υπάρχει πάντοτε απόκλιση εμβαδού μεταξύ τίτλων, σχεδίων και πραγματικότητας. Δεδομένου ότι ο επιθεωρητής υποχρεούται να αναγράψει το πραγματικό εμβαδόν, το οποίο μπορεί να διαφέρει από τους τίτλους κυριότητας, ποιο εμβαδόν θα αναγραφεί στο πωλητήριο συμβόλαιο;
4.Αν κατά την ενεργειακή επιθεώρηση νέου ή ριζικά ανακαινιζόμενου κτιρίου διαπιστωθεί ότι αυτό δεν κατατάσσεται τουλάχιστον στην ενεργειακή κατηγορία Β, τότε ο ιδιοκτήτης υποχρεούται εντός έτους να το βελτιώσει σύμφωνα με τις συστάσεις του ενεργειακού επιθεωρητή. Αν και πάλι δεν καταταγεί, το κτίριο θεωρείται πλέον ως αυθαίρετο! Είναι λογικό γι΄αυτό να ευθύνεται ο ιδιοκτήτης και όχι ο επιβλέπων μηχανικός και ο κατασκευαστής του;
5.Αν ο κάτοχος προσωρινής άδειας ενεργειακού επιθεωρητή αποτύχει στις εξετάσεις για τη λήψη οριστικής αδείας, τα πιστοποιητικά που θα έχει εκδώσει διατηρούν την ισχύ τους ή όχι?