Σημαντική είναι η ακίνητη περιουσία που διαθέτει το ΕΣΥ. Στην ιδιοκτησία του υπουργείου βρίσκονται τουλάχιστον 2.490 ακίνητα, συνολικής αντικειμενικής αξίας 2,1 δισ ευρώ. Η μεγάλη πλειοψηφία των ακινήτων (2.058 ακίνητα) έχει και σημαντική εμπορική αξία – πρόκειται για καταστήματα, διαμερίσματα, αποθήκες και λοιπούς χώρους που χαρακτηρίζονται από τους συντάκτες της έκθεσης ως αξιοποιήσιμοι και εμπορικά διαπραγματεύσιμοι. Συγκεκριμένα, και σύμφωνα με την τελευταία καταγραφή των ακινήτων, το υπουργείο Υγείας κατέχει 609 κτίρια, 536 επαγγελματικά ακίνητα, 504 κατοικίες, 498 αγροτεμάχια, 319 οικόπεδα και 24 αποθήκες. Ωστόσο, μόνο το 44,41 % αυτών είναι εκμισθωμένα ενώ το 55,59% παραμένει αναξιοποίητο. Ακόμη και από τα λίγα μισθωμένα ακίνητα το υπουργείο Υγείας εισπράττει ετησίως ενοίκια 2,2 εκατ. ευρώ. Αξίζει όμως να σημειωθεί ότι κάτι λιγότερο από τα μισά – 1 εκατ. ευρώ- πληρώνει κάθε χρόνο το υπουργείο για τα κτίρια που νοικιάζει για να στεγάσει τις κεντρικές του υπηρεσίες στην Αθήνα (όπως πχ τις γενικές διευθύνσεις, το Σώμα Επιθεωρητών Υγείας κα).