Για την περιοχή των Κυκλάδων στην πρόσφατη απόφαση της Ελληνικής Κυβέρνησης (Φ.Ε.Κ. 1020/24-5-13), το ΤΑΙΠΕΔ αναλαμβάνει να διαχειρίζεται και να εκποιεί 8 περιοχές σημαντικής οικολογικής αξίας:
4 περιοχές υγροτόπων σε Νάξο, Μήλο και Άνδρο που βρίσκονται εντός ορίων περιοχών Natura 2000 (Ειδικές Ζώνες Διατήρησης, από τις οποίες οι 3 και εντός Ζωνών Ειδικής Προστασίας -περιοχών σημαντικών για τα Πουλιά),
1 υγρότοπο στη Νάξο που έχει χαρακτηρισθεί καταφύγιο άγριας ζωής, και
3 περιοχές υγροτόπων σε Πάρο–Αντίπαρο που έχουν χαρακτηρισθεί προστατευόμενοι ως μικροί νησιωτικοί υγρότοποι.
Σημαντικά τμήματα των υγροτόπων αυτών καλύπτονται από οικότοπους ευρωπαϊκής προτεραιότητας, όπως αναλυτικά για κάθε περιοχή αναφέρεται πιο κάτω. Για τη μία μάλιστα από τις περιοχές αυτές, τις Λίμνες Αγίου Προκοπίου, έχει ξεκινήσει διαδικασία προκαταρκτικής ενημέρωσης υποψήφιων επενδυτών, σύμφωνα με δημοσίευμα τοπικής εφημερίδας, με προτεινόμενες χρήσεις: ξενοδοχειακό συγκρότημα, εξοχικές κατοικίες, εμπορικές χρήσεις και συντελεστής δόμησης 0,2 (σε περιοχή που καλύπτεται κατά 76-95% από τον Οικότοπο προτεραιότητας Νο 1150: Παράκτιες λιμνοθάλασσες) από εταιρεία που ειδικεύεται στην «αξιοποίηση» της δημόσιας κτηματαγοράς, όπως η ίδια ισχυρίζεται στην ιστοσελίδα της. Η παραλία του Αγίου Προκοπίου στην Δημοτική Κοινότητα Αγίου Αρσενίου Νάξου θεωρείται από τις καλύτερες της Ελλάδας και συνολικά της Ευρώπης, καταλήγει εσωτερικά σε μια ζώνη από αμμόλοφους και περιβάλλεται από λίμνες. Οι λίμνες με την παραλία είναι ένα ενιαίο ευαίσθητο οικοσύστημα (Natura 2000-GR4220014) που περιγράφεται από την WWF (NAX 002) ως τρεις λίμνες, με σπάνια βλάστηση, αμμοθίνες, θάμνους και με παρουσία μεταναστευτικών πουλιών. Η υπόγεια επικοινωνία και ισορροπία των νερών, των λιμνών και της θάλασσας είναι αυτή που δίνει τις σπάνιες χαρακτηριστικές ιδιότητες στα νερά του Προκόπη και καθιστά την περιοχή μοναδική.
Στον δημοσιευμένο επενδυτικό φάκελο η περιοχή προικίζεται με μεγάλη δόμηση 32.000 μ2, και προβάλλονται τα τουριστικά πλεονεκτήματά της, όπως εγγύτητα σε συγκοινωνιακές υποδομές, ώστε να προσελκύσει το ενδιαφέρον των επενδυτών. Η παραπάνω απόφαση παραχώρησης έρχεται, επίσης, σε αντίθεση ακόμα και με τον εφαρμοστικό νόμο του Μνημονίου Ν. 3986/2011, σύμφωνα με το άρθρο 11 παρ. 2 του οποίου «δεν επιτρέπεται η αξιοποίηση δημοσίων ακινήτων, τα οποία εμπίπτουν στο σύνολό τους σε οικότοπους προτεραιότητας και σε περιοχές απόλυτης προστασίας της φύσης ή προστασίας της φύσης». Ήδη, αίτηση ακυρώσεως κατέθεσαν 22 κάτοικοι – επιχειρηματίες της Νάξου, της Πάρου και της Αντιπάρου ενώπιον του Συμβουλίου της Επικράτειας κατά της Απόφασης παραχώρησης Υγροτόπων στο ΤΑΙΠΕΔ, επικαλούμενοι την παράβαση των προϋποθέσεων νόμιμης νομοθετικής εξουσιοδότησης, όπως προβλέπεται στο άρθρο 43 παρ.2 του Συντάγματος, την παραβίαση της αρχής της αειφόρου ανάπτυξης και της οδηγίας 2001/42 του ΕΚ, σχετικά με την εκτίμηση των περιβαλλοντικών επιπτώσεων σχεδίων και προγραμμάτων.